Mehr als vierzig Jahre nach Einrichtung des Couven Museums am Hühnermarkt wurde 1999 eine umfassende Sanierungs- und Restaurierungsmaßnahme eingeleitet. Mit Unterstützung der Stadt Aachen und des Landes Nordrhein-Westfalen erfolgte zunächst die Dach- und Fassadensanierung des ‚Haus Monheim’ am Hühnermarkt.

Im zweiten Bauabschnitt widmete man sich der Sanierung des an der Rommelgasse/Ecke Hof gelegenen ‚Haus zum Lindenbaum’ und schließlich dem Hinterhaus zum Hof. Im Inneren des Hauses wurde 2000/2001 das Elektrosystem erneuert und Maler- und Lackierarbeiten sowie die Renovierung der Holzböden durchgeführt. Im letzten Bauabschnitt erhielt der kleine Binnenhof, der die drei Gebäude des Couven-Museums verbindet, 2003 ein neues Glasdach.

Die Restaurierung der Leinwandgemälde im Couven Museum begann mit der Abnahme der großformatigen Landschaftsansichten im Festsaal und im Gläserflur. Mit Unterstützung des Landschaftsverbandes Rheinland konnten die Gemälde des 18. Jahrhunderts durch die Gruppe Köln aufgearbeitet werden. Nach der Reinigung und Sicherung der stark beanspruchten Oberflächen wurde ein neuartiges Montagesystem entwickelt, das eine Hinterlüftung der Gemälde und die wandnahe Installation zulässt.

Mit der Wiedereröffnung des Couven Museums im Sommer 2001 erwartete die Besucher nicht nur ein ‚altes Haus in neuem Glanz’, sondern auch die Möglichkeit, die Restaurierungsarbeiten als „work in progress“ mit zu verfolgen. Präsentierte sich bei einem Besuch im Winter der Gläserflur noch als „Leerraum“ mit abgeschlagenem Putz, so konnte man bereits im Sommer die dort wieder installierten Landschaftsgemälde bewundern.

Im Frühjahr 2005 wurden die Raum umspannenden Gemälde im zweiten Obergeschoss, im so genannten Landschaftszimmer, demontiert und in die Kölner Werkstatt verbracht.